十年前，世界因为谜之大破坏现象而开始毁灭，与此同时出现了被称为“Order”的能力者们，他们是将自身的“愿望”转化为“能力”的人。而男主角“星宫エイジ”也是能力者之一，而他在十年前许下的愿望，正是“世界的灭亡”！？这是——由世界灭亡开始的故事。
咖宝指挥官田小咖迎来了像水晶一样灵巧又聪明的水晶咖宝伙伴，同时，升级水晶能量的老咖宝伙伴也再次登场。动物们的安全受到盗猎者、黑心摄影师、非法活动策划者、走私团伙等坏人的威胁，自然环境也因为人类的种种不当行为而受到破坏，捣蛋家族和黑心外星人利用各种手段作恶，城市里还发生着各种各样的危机，小咖和咖宝凭着仁爱和正义的精神，利用勇气、策略和神奇力量，一次又一次战胜困难，消除危机，大家齐心协力，一起帮助动物、大自然和更多的人，持续为身边的世界传播正能量。
