《命运石之门第二季》主人公冈部伦太郎经历无数的苦难，跨越了尽头悲哀的放弃了挽救“她”的世界线的故事。 失意至底的冈部伦太郎。 被“封印”的“凤凰院凶真”。 担心他的伙伴们。 新登场的角色们。 未被拯救的“她”到底怎么了？ 《STEINS；GATE》中没有登场的新的角色迎来被描绘的“0”的故事。 是的，那里的“她”现在也在——
转世来到修仙世界，韩绝发现自己带着游戏属性，竟然可以通过摇骰子刷新灵根资质与先天气运，韩绝为了长生，决定悄悄修炼，不出风头。但宗门有劫难之时，他却挺身而出。千年后，修真界一代换一代。当仙界清理凡间时，韩绝不得不出手。他这才发现，好像仙神也不过如此。
沐浴后能致死的剧毒之雨“Blue Cyst”所导致的大灾难“新月之泪”。在那之后经过100多年的时间，人类终于开始走上了克服这一灾难的道路。在荒废世界的村落“Nest”中坚强生活的人们身边，发现了搭载类双对思考型AI的类人“梅加斯”的身影。
