美国队长史蒂夫·罗杰斯（克里斯·埃文斯 Chris Evans 饰）带领着全新组建的复仇者联盟，继续维护世界和平。然而，一次执行任务时联盟成员不小心造成大量平民伤亡，从而激发政治压力，政府决定通过一套监管系统来管理和领导复仇者联盟。联盟内部因此分裂为两派：一方由史蒂夫· 罗杰斯领导，他主张维护成员自由，在免受政府干扰的情况下保护世界；另一方则追随托尼·斯塔克（小罗伯特·唐尼 Robert Downey Jr. 饰），他令人意外地决定支持政府的监管和责任制体系。神秘莫测的巴基（塞巴斯蒂安·斯坦 Sebastian Stan 饰）似乎成为内战的关键人物……

茂密的原始森林中，生活着人类小孩毛克利（尼尔·塞西 Neel Sethi 饰）。因某种原因他很小就成为了孤儿，黑豹巴希拉（本·金斯利 Ben Kingsley 配音）最先找到了他，并将毛克利托付给狼族的首领阿克拉。从此以后，毛克利以狼的身份在森林里成长起来，和他的兄弟姐妹们学习捕猎和求生技巧。然而并非所有动物都接受毛克利的存在，特别是曾被人类伤害的老虎谢利·可汗（伊德里斯·艾尔巴 Idris Elba 配音），更将男孩视为眼中钉肉中刺。谢利·可汗向狼族发出威胁，众狼们不得不为族群的命运做出考量。毛克利不希望“家人”为难，他选择离开狼群，而唯一陪伴他的巴希拉则希望带着男孩回归人类世界。

续集故事继续围绕杰克（汤姆·克鲁斯 饰）展开，他重回弗吉尼亚州的军事基地和苏珊·特纳少校会面，要解决一些个人问题。此时，特纳却意外被捕。杰克同时也陷入谜团，因为他被诬告犯有重罪，而且牵涉到一个自己完全不知道的小孩。这些，杰克都记不起来了。他要克服重重困难，去寻找特纳，最终解决问题。

变种人天启（奥斯卡·伊萨克 Oscar Isaac 饰）诞生于人类文明的最开端，被人类当做神一般敬仰膜拜，然而，这样的他，却遭到了他最蔑视的人类的背叛，被埋葬于废墟石砾之下，一晃眼就是数千年过去。 　　一场意外使得沉睡千年的天启从混沌中醒来，重返人间的他却发现曾经高贵的变种人，如今境遇十分糟糕。为了创造一个属于变种人的新世界，他找到了暴风女（亚历山德拉·西普 Alexandra Shipp 饰）、灵蝶（奥立薇娅·玛恩 Olivia Munn 饰），天使（本·哈迪 Ben Hardy 饰），还有想要过平凡生活却依旧遭到人类驱逐的万磁王（迈克尔·法斯宾德 Michael Fassbender 饰）组成了天启四骑士。在察觉到天启的动向后，X教授（詹姆斯·麦卡沃伊 James McAvoy 饰）带领着魔形女（詹妮弗·劳伦斯 Jennifer Lawrence 饰...