本动画由《座敷童子》《海坊主》《无脸怪》《鵺》《化猫》五个故事组成，背着一个大药箱、持着一把退魔之剑的卖药郎（樱井孝宏 配音）是每一个故事的联结者。妖怪的形成，是由人类的种种因缘引起的；要想拔出退魔之剑，就必须要凑齐“形、真、理”。“形”即由人的因缘所引起的妖怪的形态；“真”即事件的真相；“理”即当事人心里真实的想法。
　　雨夜里，一名怀孕女子来到旅馆投宿，老板娘将她安排到一个从不住人的房间里。同时，有个追杀此名女子的男人也来到旅馆。不久后，奇怪的事情发生了。卖药郎得知妖怪的“形”乃怨灵“座敷童子”，而“真”和“理”究竟是……在卖药郎的询问下，老板娘说出了多年的真相，原来这家旅馆的前身是青楼，而这个房间，竟然是……

故事的发生背景在未来世界的香港，一个被摩根博士制造的双胞胎实验体姐妹伊莱恩（Elaine）和戴安娜（Diana）因为一些原因而有时候变得非常的弑杀，当两个人的思想融合时，超生命形式“Genocyber”诞生了。 现在，Genocyber 与人类之间长达半个世纪的战斗开始了。

高中生四月一日君寻（福山润 配音）有着令他十分困扰的灵异体质，他总是能在不知不觉的情况下吸引大量的灵体。一日，偶然中他踏进了一间魔法商店，遇见了美丽神秘的店主壹原郁子（大原沙耶香 配音）。郁子告诉他这是一件帮人达成愿望的商店，四月一日君寻遂许下了希望能解除特异体质的愿望，可是这愿望售价昂贵，四月一日君寻不得不在店里打工来付清欠款。此间，他结实了沉默寡言的白目鬼静（中井和哉 配音）、厄运缠身的九轩葵（伊藤静 配音），以及一只造型怪异的名叫魔可拿的宠物。

就职于童守町小学的鵺野鸣介（置鲇龙太郎 音）虽然外表平平，实际却有着非同寻常的经历。他在小学时曾被魔物侵染，其具有灵力的女老师牺牲自己将魔物封印在鸣介的左手之中，成为名副其实的“鬼手”。鬼手如同除灵师的凭神一样，既可与灵体沟通，又能完成各种离奇的除灵工作。童守町历来就流传着许多灵异传闻，起初不被学生信任的鸣介在一次次除灵工作之后和学生们建立起深厚的感情。在这一过程中，他也结识许多来自不同世界的伙伴：温柔可爱的雪女（白鸟由里 音）、冷酷无情的妖狐玉藻（森川智之 音）等，都给鸣介和学生们的生活中留下无限惊险和刺激……

　　1999年1月，黑桐鲜花所就读的高级女子中学——礼园出现了神秘的事件。一年四班的学生橘佳织在宿舍起火事件中身亡，随后，一年四班全体同学的生活改变了。每天活在痛苦与烦恼中的她们，收到了不明来源的信件。不安的情绪在礼园全体学生间蔓延。为了解决事件，两仪式假扮学生潜入礼园，与黑桐鲜花一同调查事件的原委。另一方面，黑桐干也在使用自己的方法追踪事件的真相。而事件的背后，似乎还有那个男人，魔术师荒耶宗莲的安排。
　　苍崎橙子之徒黑桐鲜花，拥有“直死之魔眼”的两仪式，魔术与战斗的交叉，礼园的秘密在她们面前展开。
　　日本同人小说最高境界《空之境界》全七章动画化，本作为第六章电影版。